Valkas Jāņa Cimzes ģimnāzija īsteno šādas izglītības programmas:
- Pirmsskolas izglītības programma (kods 01011111);
- Pamatizglītības programma (kods 21011111);
- Speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar mācīšanās traucējumiem (kods 21015611);
- Speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar garīgās attīstības traucējumiem (kods 21015811);
- Vispārējās vidējās izglītības programma (kods 31016011)
Izglītības iestāde un izglītības programmas ir akreditētas līdz 2029. gada 4. janvārim.
